Molekulardynamik-Simulation - Versionsgeschichte

Reicherz am 28. April 2010 um 11:44 Uhr

2010-04-28T11:44:38Z

Kolja.kohnen am 10. Dezember 2009 um 13:12 Uhr

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Kolja.kohnen am 4. Dezember 2009 um 13:58 Uhr

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Die Seite wurde neu angelegt: „Konformationsänderungen in Proteinen spielen eine entscheidende Rolle in deren Interaktion und haben entscheidenden Einfluss auf deren biologische Wirksamkeit. N...“

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Konformationsänderungen in Proteinen spielen eine entscheidende Rolle in deren Interaktion und haben entscheidenden Einfluss auf deren biologische Wirksamkeit. Neben der Brown'schen Bewegung beeinflussen Druck, Temperatur, Lösungsmittelkonzentration und viele weitere Faktoren welche Konformation ein Molekül einnimmt. Ein Weg zur Beschreibung dieser Dynamik ist die Integration klassischen newtonschen Bewegungsgleichungen aller Atome.
Da allerdings auch quantenmechanische Effekte eine Rolle spielen ist der Rechenaufwand enorm. Eine Kombination der klassisch berechneten Trajektorien mit quantenmechanischen Rechnungen erlaubt auf Grundlage der Röntgenstrukturanalyse oder mehrdimensionaler NMR-Spektroskopie realistische Berechnungen von Proteinen wie z.B. Bakteriorhodopsin in einer Membranumgebung mit Wasser auf Zeitskalen von ns.
Es ist also möglich mit einer Kombination bindender und abstoßender Potentiale zeitabhängige Interaktionen zwischen Proteinen wie beispielsweise Bindungswinkel zu untersuchen und mit Hilfe molekulargraphischer Software zu visualisieren.

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	Dynamik spielt in Proteinen eine entscheidende Rolle in deren Interaktion untereinander und hat entscheidenden Einfluss auf deren Funktion. Neben den spektroskopischen Möglichkeiten, deren komplizierte Spektren in molekulare Bewegungen dekodiert werden müssen, ist die Integration der klassischen newtonschen Bewegungsgleichungen der Atome die Grundlage der Molekulardynamiksimulation (MD).		Dynamik spielt in Proteinen eine entscheidende Rolle in deren Interaktion untereinander und hat entscheidenden Einfluss auf deren Funktion. Neben den spektroskopischen Möglichkeiten, deren komplizierte Spektren in molekulare Bewegungen dekodiert werden müssen, ist die Integration der klassischen newtonschen Bewegungsgleichungen der Atome die Grundlage der Molekulardynamiksimulation (MD).

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	So ist es möglich die funktionell relevante Dynamik von Proteinen mit Hilfe von Kraftfeldern, die verschiedenste physikalische Wechselwirkungen beinhalten, zu berechnen und anschließend z.B. interessante Mutanten in zeitaufwendigeren Experimenten zu testen.		So ist es möglich die funktionell relevante Dynamik von Proteinen mit Hilfe von Kraftfeldern, die verschiedenste physikalische Wechselwirkungen beinhalten, zu berechnen und anschließend z.B. interessante Mutanten in zeitaufwendigeren Experimenten zu testen.
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		+	[http://f-praktikum.ep1.rub.de/anleitung/Versuch704.pdf Anleitung]
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		+	[http://f-praktikum.ep1.rub.de/anleitung/Versuche700.pdf Sonderanleitung]

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-Dynamik spielt in Proteinen eine entscheidende Rolle in deren Interaktion untereinander und haben entscheidenden Einfluss auf deren Funktion. Neben den spektroskopischen Möglichkeiten, deren komplizierte Spektren in molekulare Bewegungen dekodiert werden müssen,  ist die Integration der klassischen newtonschen Bewegungsgleichungen der Atome die Grundlage der Molekulardynamiksimulation (MD).
+Dynamik spielt in Proteinen eine entscheidende Rolle in deren Interaktion untereinander und hat entscheidenden Einfluss auf deren Funktion. Neben den spektroskopischen Möglichkeiten, deren komplizierte Spektren in molekulare Bewegungen dekodiert werden müssen,  ist die Integration der klassischen newtonschen Bewegungsgleichungen der Atome die Grundlage der Molekulardynamiksimulation (MD).
 Eine Kombination der klassisch berechneten Trajektorien mit quantenmechanischen Rechnungen erlaubt auf Grundlage der Röntgenstrukturanalyse oder mehrdimensionaler NMR-Spektroskopie  Berechnungen von Proteinen wie z.B. Bakteriorhodopsin in einer realistischen Umgebung auf Zeitskalen bis zu Mikrosekunden.
 So ist es möglich die funktionell relevante Dynamik von Proteinen mit Hilfe von Kraftfeldern, die verschiedenste physikalische Wechselwirkungen beinhalten, zu berechnen und anschließend z.B. interessante Mutanten in zeitaufwendigeren Experimenten zu testen.